A Igreja Presbiteriana é fruto da Reforma Protestante do século dezesseis, um movimento histórico que já vinha sendo fomentado em séculos passados mas eclodiu de vez no dia 31 de outubro de 1517, quando um monge agostiniano chamado Martinho Lutero afixou suas 95 teses na porta da capela de Wittenberg. Seu propósito era ver suas teses discutidas por acadêmicos e religiosos, mas elas acabariam atingindo em cheio o alto clero da Igreja Católica. 

Seu objetivo principal era debater acerca da utilização das indulgências, uma espécie de garantia de salvação vendida pela igreja aos incultos e crédulos camponeses. Na sofrida Alemanha daqueles dias, aquele foi um acontecimento da mais alta significação: o fato de um respeitado professor e religioso combater ousadamente um grande abuso já tão disseminado. A notícia correu por toda a extensão do império. A partir daí inúmeros fatos mudariam para sempre a história da Igreja Cristã e do Ocidente.

Hoje somos frutos dessa maravilhosa herança. Graças àqueles que começaram essa luta muito antes de Lutero, como o mártir John Huss e outros como Zwínglio e João Calvino, o grande pensador da Reforma, podemos hoje receber o ensino puro da Palavra de Deus. 

A Reforma representou, sobretudo: 

  1. A valorização e o acesso à Bíblia – Até então, apenas sacerdotes tinham acesso ao livro sagrado. O povo ficava à mercê daquilo que lhes era ensinado sem poder questionar. A tradução e impressão da Bíblia em alemão por Lutero foi uma conquista singular, pois concedeu às pessoas simples o privilégio de conhecer a Palavra de Deus. A Bíblia deve ser compreendida como a única autoridade de regra de fé e prática da vida cristã. Todo crente pode ter acesso direto a ela, pois, com o auxílio do Espirito Santo, poderá compreendê-la.
  2. A valorização do ser humano no culto – Até então ninguém podia participar da Santa Ceia, a não ser o próprio clérigo. As missas eram feitas em latim, incompreensíveis. O homem simples se via como um ser inferior diante de Deus, não capacitado a buscá-lo, adorá-lo, ou conhecê-lo, senão por intermédio do clero. Tudo isso mudou, resgatando o privilégio de aproximação de qualquer crente ao Deus vivo e verdadeiro por meio de Cristo, o privilégio chamado de sacerdócio universal de todos os crentes. 
  3. A redescoberta do verdadeiro ensino bíblico sobre a salvação – Havia uma tremenda confusão acerca da salvação. Para se obtê-la, eram necessários o purgatório, o limbo infantil, as penitências, as confissões auriculares, as indulgências, a intercessão dos santos, e as boas obras. A Reforma, por sua vez, trouxe à tona estas cinco verdades a respeito de nossa salvação: Para que alguém seja salvo: a) Basta somente ter fé e b) fé somente em Cristo. c) Esta salvação é conferida unicamente pela graça e não por obras de justiça. 
  4. Toda a glória deve ser dada somente a Deus e jamais conferida a homens ou instituições.

As Igrejas Presbiterianas têm suas raízes na obra de dois reformadores: o suíço de língua alemã, Ulrico Zuínglio (1484-1531), e o francês João Calvino (1509-1564), que atuaram na Suíça, o primeiro em Zurique e o segundo em Genebra.

O termo “presbiteriano” decorre do fato de que nessas igrejas o governo é exercido por “presbíteros.” A palavra grega presbyteros encontra-se no Novo Testamento e significava originalmente “ancião”. À semelhança do que acontecia entre os judeus, também na igreja primitiva a liderança era exercida pelos membros mais experientes da comunidade, não sendo necessariamente, os mais velhos.